In questo episodio inedito della saga i giocatori potranno per la prima volta vestire i panni della Principessa Zelda. Gli abitanti di Hyrule stanno scomparendo, inghiottiti da strani squarci che sono apparsi all'improvviso, e fra le vittime c'è anche un certo spadaccino. Così, tocca alla principessa Zelda entrare in azione per salvare il suo regno.